Projektet omhandler udvikling af algoritmer og værktøjer til analyse af populationsgenetiske data. Formålet med sådanne analyser er lokalisering af områder i arvemassen med association til sygdomme med en genetisk komponent, f.eks. kræft.
Målet for Bioinformatics ApS har været at forbedre både præcisionen og effektiviteten af eksisterende teknikker. Dette omfatter både en bedre modellering af den bagvedliggende biologi og udvikling af bedre teknikker til søgning i store parameterrum. Desuden blev det undersøgt, hvorledes de udviklede teknikker bedst kunne implementeres, herunder hvorledes kørsler og resultater kunne visualiseres.
Softwarepakken GeneRecon, som implementerer en metode til identifikation af sygdomsgener baseret på en omfattende model af de biologiske mekanismer, er blevet anvendt til analyse af data i samarbejde med det islandske firma Iceland Genomics (nu opkøbt af DeCode Genetics, også fra Island) som led i en undersøgelse af bl.a. prostata-cancer.
Som led i den løbende afprøvning og validering af GeneRecon er der også udført en lang række eksperimenter på syntetisk data, hvilket har ført til udviklingen af en omfattende sofwarepakke – CoaSim – til datasimulering.
Samarbejdet DeCode Genetics i form af konsulentbistand har givet fortsat mulighed for afprøvning af software og ideer på rigtige data.
Samarbejdet har også givet anledning til en bevilling fra EU FP6 (projektet POLYGENE). Ansøgningen blev initieret som et samarbejde mellem Decode Genetics, Bioinformatics ApS og universiteter i Oxford og Nijmegen. Ved projektopstart i 2006 valgte Bioinformatics ApS ikke at deltage på grund af krav om medfinansiering. Center for Bioinformatik ved Aarhus Universitet er siden blevet involveret i projektet.
I dette projekt har Alexandra Instituttet samarbejdet med følgende virksomheder:
Ønsker du yderligere information kan du til enhver tid henvende dig til Ole Lehrmann Madsen.
Projektet er bl.a. finansieret af:
Det samlede projektbudget, fordelt på projektets partnere er: kr. 1.300.000,00
Ønsker du yderligere information om dette projekt kan du henvende dig til Ole Lehrmann Madsen.